Khi chính phủ về Thủ đô Hà Nội, đã cho cải táng mộ ông về Nghĩa trang Mai Dịch, Hà Nội

Ông được truy tặng Huân chương Kháng chiến Hạng Nhất.

Ghi nhận những đóng góp của ông, chính quyền thành phố Đà Nẵng đã quyết định đặt tên một con đường mang tên Phan Bôi dài 700m, rộng 5,5m, nối từ đường Ngô Quyền đến đường Nguyễn Công Trứ thuộc quận Sơn Trà.

Ghi nhận những đóng góp của ông, chính quyền thành phố Hồ Chí Minh đã quyết định đặt tên một con đường mang tên Hoàng Hữu Nam thuộc phường Long Thạnh Mỹ quận 9